Tiek uzskatīts, ka 4. gadsimtā baznīca uzcelta vietā, kur Jēzus Kristus piesists krustā, un tajā atrodas arī tukšais Jēzus kaps, kurā viņš tika apglabāts un augšāmcēlās. Arheologus, pētot baznīcas iekštelpas, vienā no aizmugurējiem koridoriem, kas savieno ar vidusjomu, pārsteigusi gadu desmitiem pie sienas novietota pamesta akmens plāksne, uz kuras tūristi bija uzgleznojuši grafiti. Kad akmens tika apgriezts, izrādījās, ka tas ir sen pazaudēts viduslaiku krustnešu altāris, kas iesvētīts 1149. gadā. Par šo altāri ziņojuši svētceļnieki jau no 16. gadsimta.

1808. gadā spēcīgs ugunsgrēks iznīcināja lielu daļu baznīcas romānikas daļas, un tika uzskatīts, ka krustnešu altāris ir pazudis. Joprojām nav noskaidrots, kā plāksne varēja tik ilgi palikt apslēpta, taču atklājums sniedz jaunu informāciju par līdz šim nezināmu saikni starp Romu un latīņu Jeruzalemes karalisti. Altāris ir rotāts ar unikālu marmora apdares tehniku, kas pazīstama kā "cosmatesco" un kuru apguva vienīgi Romas pāvesta ģildes meistari - to vidū Cosmati ģimene.